跑步后膝盖痛的原因有很多，最主要的是关节软骨损伤，半月板损伤。
即使没有明确的外伤史，跑步这种运动是一种非常剧烈运动，如果掌握不好其规律累积性的负荷，会造成关节内软骨及半月板的快速退化。退化后的结构，其抗压抗负荷能力会进一步下降，容易发生损伤，这是一个恶性循环。
跑步后膝痛的软骨损伤往往出现在膝前，痛也就是髌骨软骨损伤，又称为髌骨软化症，因此有些人把髌骨软化症称为跑步膝。这种情况的出现往往代表了运动量过度，要休息制动以及调整运动量。
半月板损伤也是跑步后膝盖痛一个非常重要的原因，这是因为半月板作为整个膝关节承载负荷的重要结构，施加过度的负荷也就是运动量过大以后呢，很容易发生脆性增加，从而发生撕裂。跑步群体中多数人进行核磁共振检查都会存在白半月板一度到二度的损伤，但是如果没有到三度撕裂的程度，是不需要进行外科手术的。
